وظایف اصلی این مرکز عبارتند از:

• تهیه داروهای کمیاب و جدید از کشورهای معتبر در کوتاهترین زمان ممکن.

• رفع کمبودهای مقطعی دارویی کشور با نظارت وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی.

• تهیه دارو برای بیمارستانها ،داروخانه ها و مراکز درمانی.

• ارائه اطلاعات مربوط به نحوه صحیح مصرف دارو، عوارض جانبی، تداخلات دارویی و... به بیماران.

• اطلاع رسانی راجع به داروهای جدید به پزشکان

• کمک به انتقال تکنولوژی در صنعت دارویی داخل

• فراهم نمودن حضور مفید شرکتهای داروسازی معتبر جهانی در بازار ایران

• نهادینه نمودن و تقویت حضور بخش خصوصی